1961 Anayasası, anayasa bakımından Türkiye’nin politik tarihinde ilerici, demokratik bir anayasa olarak yerini alır. Belli başlı eksiklikleri olsa da ülkede özgürlük ortamı sağlanmıştı. Bu ortamdan faydalanarak İstanbul sendikacılarının bir kısmı Türkiye İşçi Partisi’ni kurdular. Kısa süre sonra Mehmet Ali Aybar partinin genel başkanı oldu. TİP’in kuruluşu yaygın bir heyecan yarattı. TİP’in işçi sınıfı içinden çıkan, tutarlı bir haklar mücadelesi sürdüren işçi liderlerince kurulmuş olması çok önemliydi. Üstelik bu çevre, iktidarların yıllardır korumaya çalıştığı bir barajı yıkarak Aybar, Boran, Aren, Sargın gibi eski TKP’li, Marksist aydınlarla birleşmeye çalışıyorlardı.
1965’te yapılan genel seçimlerde Türkiye İşçi Partisi henüz üç buçuk yaşındaydı. Deneyimsizdi ve hazinenin siyasi partilere yaptığı yardımdan da yararlanamıyordu. TİP yalnızca bu seçimlerde uygulanabilen yurttaşın her oyunu parlamentoya yansıtmayı esas alan Milli Bakiye sistemi nedeniyle 15 milletvekili çıkararak TBMM’de grup kurdu. Boran da Urfa milletvekili olarak parlamentoya girdi. Adalet Partisi hiç vakit kaybetmeden Yüksek Seçim Kuruluna başvurarak Barış Davası mahkumiyetini bahane ederek ‘ağır hapis cezası gerektiren bir suçtan dolayı kesin olarak hüküm giymiş’ olduğunu, bu nedenle Behice Boran’ın milletvekilliğinin iptalini istedi. Fakat o, Yüksek Seçim Kurulu’ndaki savunmasında iptal isteminin dayanaklarını çürüterek reddedilmesini sağladı.
Türkiye’nin çok partili hayatında ilk kez bir sosyalist parti mecliste temsil ediliyordu. Bu Türkiye’nin temeldeki ekonomik ve sosyal sorunlarının sosyalist bakış açısıyla enine boyuna ele alıp geniş kitlelere duyurulması anlamına geliyordu. 1965 yılında Urfa milletvekili olarak meclise girdiğinde Merkez Yönetme Kurulu üyesi olan Boran, partisinin meclisteki dış politika sözcüsüydü. Aynı zamanda da Türkiye Avrupa Ekonomik Topluluğu Karma Parlamento Komisyonu üyesiydi.
Meclis görüşmeleri sırasında, TİP’lilerin kolay yanıt verilemeyecek sorular sorması çoğunluğun tepkisini çekiyordu. Boran, meclis kürsüsünde çoğu zaman ders verircesine tane tane ve yumuşak konuşmaktaydı. Boran ve diğer vekiller birçok komisyonda görev aldılar. Özellikle Boran’ın hem Fransızcayı hem de İngilizceyi çok iyi konuşması onun toplantılarda öne çıkmasına neden oluyordu.
Eğitimi, mesleki kariyeri, tecrübesi ve birikimi açısından, erkek milletvekillerinden üst düzeyde bulunan Boran, evinde, özel yaşamında toplumun diğer kadınları ile pek çok benzerlikler gösteriyordu. O yetkin bir bilim insanı, mücadeleci bir politikacı aynı zamanda eş ve anneydi. Mecliste her zaman bakımlı, kısa kesilmiş saçları ve gösterişsiz giyimi ile yer alıyordu.
TİP ülkedeki bütün özgürlük arayışlarını destekliyordu. Parlamento kürsüsünden grev, direniş yapan işçileri, toprak talebinde bulunan köylüleri savunuyordu. Boran, boykot ve işgallerle taleplerini ortaya koyan gençler için ‘onlar bizim çocuklarımız’ diyerek sahip çıktı. 1968’de Sovyetler Birliği’nin Çekoslovakya müdahalesine karşı çıkan bir makale yazdı. 1968’de yayınladığı Türkiye ve Sosyalizmin Sorunları adlı kitabı basıldı.
TİP toplumsal hareketliliğin doruğunda yeni siyaset tartışmalarında bütünlüğünü koruyamadı ve bölündü. Parti’nin birliğini sağlamış olan liderler karşı karşıya geldiler. Kasım 1968’de 3. Kongre öncesinde Mehmet Ali Aybar ile sosyalizm anlayışı olmak üzere çeşitli konularda anlaşmazlıklar baş gösterdi. Behice Boran, kendisi gibi TİP Genel Yönetim Kurulu üyesi olan Nihat Sargın, Sadun Aren, Şaban Erik, Minnetullah Haydaroğlu ile birlikte bilimsel sosyalist bir anlayışla ‘5’li Takrir’vererek, Aybar’a karşı bir muhalefet başlattı. Önergede, partide kişisel yönetim eğiliminin artması eleştiriliyor, parti politikalarının organlarca belirlenmesi ve açıklanması gerektiği belirtiliyor, TİP Tüzük ve Programında yer alan sosyalizmin demokratik yolu anlayışının sulandırılması isteniyordu.
Behice Boran, Aybar’la görüş ayrılıkları hakkında;
‘…görüş ayrılıklarının ortaya çıkışı 1968 yılına kadar dayanır. Senato seçimlerinden önce MYK’da partinin seçim propagandasının ana teması ne olmalı konusu konuşulurken Aybar halkın sömürü ve yoksulluktan çok, horlanmadan şikayetçi olduğunu söyleyerek horlanma konusunun baş tema yapılmasını istedi. Ben ve bazı arkadaşlar buna karşı çıktık. Horlanmanın da sınıfsal bir olgu olduğunu, sömüren-sömürülen, egemen-ezilen sınıfsal çelişki ve ilişkisinden doğduğunu söyledim’ der.
1969 seçimlerinde TİP’ten kurtulmak isteyen AP ve CHP Milli Bakiye Sistemini kaldırdı. TİP bu seçimde oylarını büyük oranda korumasına rağmen yalnızca iki milletvekili çıkarabildi. Genel Başkan Aybar bu sonucu yeterli görmemekteydi ve istifa etti. İstifanın ardından TİP kurucularından Şaban Yıldız genel başkanlığa seçildi. Parti tüzüğü gereği bir genel sekreter seçilmesi gerekiyordu. Şaban Yıldız, Behice Boran’ı aday gösterdi ve Boran oy birliği ile seçildi. Diğer yöneticilerle birlikte partiyi 4. Büyük Kongre’ye hazırladılar. 29-31 Ekim 1970’te 4. Büyük Kongre toplandı. Kongre bir dönüm noktası oldu, Parti bünyesindeki iki yıllık sarsıntıya son verip yeniden toparlanma çalışmalarına başladı. Bu kongre sonrasında Boran oybirliğiyle genel başkan seçildi. Türkiye’nin ilk kadın parti başkanı oldu.