1990'lı yıllarda İSKİ Genel Müdürü olarak görev yaparken eşi Nurdan Erbuğ ile ayrılmak isteyen Göknel, 1 milyon tazminat ödemeyi kabul etmiş, söz konusu tazminat miktarının Göknel'in genel müdürlükten aldığı maaşın çok üstünde olması kamuoyunun dikkatini çekmişti.
Ayrılık kararı ve tazminat anlaşmasının ardından Nurdan Erbuğ, eski eşi Ergun Göknel'in yaptığı yolsuzlukları ortaya çıkarmıştı. Olayın medyaya yansımasının ardından dönemin belediye başkanı Nurettin Sözen de iddiaların araştırılması için Ergun Göknel'i İçişleri Bakanlığı'na şikayet etmişti.
5 YIL HAPİS YATMIŞTI
'Yolsuzluk' ve 'mal beyanında bulunmamak' suçlarından yargılanan Göknel, toplam 11 yıl 4 aylık hapis cezasına mahkum edilmiş, İnfaz Yasası'na göre 5 yıl hapis yattıktan sonra da tahliye edilmişti.
Ergun Göknel, bugün yaşamını yitirdi. Göknel'in ölüm haberini, eski mesai arkadaşlarından Celal Kodamanoğlu sosyal medya hesabından şu sözlerle duyurdu:
'Herkese günaydın demek isterdim, ama aldığım telefon beni üzdü. Bir zamanlar İSKİ'de birlikte çalıştığımız, Genel Müdürümüz Ergun Göknel maalesef vefat ederek aramızdan ayrılmış. Cenazesi bugün öğle namazını müteakip Zincirlukuyu Camii'nden kaldırılacakmış. İstanbul dışındayım, yoksa gitmek isterdim... Belki sizler onu geçmişteki basından haberlerinden farklı tanırdınız ama dıştan bakmak ile aynı çatı altında yaşamak farklıdır... Üzüldüm. Allah rahmet eylesin.'